Fünf Jahre später betrat das Modell der zweiten Generation die Bühne. Es behielt den Mittelmotoraufbau des Originals bei und bot ebenso viel Fahrspaß, erhielt insgesamt aber einen exklusiveren Touch. Eine größere, exotischer aussehende Karosserie, eine hochwertigere Innenausstattung sowie ein präziseres und komfortableres Fahrverhalten machten den MR2 noch reizvoller. Dank dieser soliden Basis war der MR2 der zweiten Generation ein echter Verkaufsschlager und die Nachfrage riss ganze zehn Jahre lang nicht ab.
Obwohl das Modell der dritten und letzten Generation denselben Namen trug (in Japan MR-S), war es eindeutig eine indirekte Ablösung. Statt mit der größeren, erwachseneren Persönlichkeit seines Vorgängers kam das Modell als kleinerer, leichterer und günstigerer Roadster daher. Dieser neue MR2 Roadster besaß alles, was ein echter, dynamischer Sportwagen des nächsten Jahrhunderts brauchte.
Wie dem Celica machte auch dem MR2 der globale Rückgang im Sportwagenmarkt zu schaffen und 2007 wurde die Produktion endgültig eingestellt. Nach zwei Jahrzehnten und drei Generationen in Serie hat der MR2 bei vielen einen bleibenden Eindruck hinterlassen. Er wird nicht so schnell in Vergessenheit geraten.
